نوع رتبه بندی در نین جوتسو به دو دسته اصلی کیو Kyu و دان Dan تقسیم می‌گردد.

سطح کیو Kyu

باشگاه بوجینکان (Bujinkan Dojo) دارای 9 رده کیو پیش از رسیدن به سطح شودان (Shodan) است. این رده‌ها از موکیو (Mukyu) که فاقد رتبه است شروع می‌شود و پس از آن کیو 9 یا کوکیو (Kukyu) تا کیو 1 یا به عبارتی ای کیو (Ikkyu) ادامه می‌یابد. در این سطح کیو 9 کمترین رتبه و بالاترین رتبه را کیو 1 دارد. کسانی که دارای رتبه نیستند (موکیو) در این رشته کمربند رنگ سفید، کسانی که دارای رده کیو هستند (کیو 9 تا کیو 1) کمربند سبز و افراد دارای رده شودان به بالا کمربند مشکی می‌بندند. در برخی از باشگاه‌ها - مخصوصا باشگاه‌های مربوط به کودکان - کمربندهای رنگی مورد استفاده قرار می‌گیرد، به نظر می‌رسد که رنگ این کمربندها در باشگاه‌های مختلف و از مکانی تا مکان دیگر متفاوت است. در ژاپن یکبار برای رده‌های کیو مرسوم شد که مردان کمربند سبز بر روی لباس فرم (گی - Gi) مشکی و بانوان کمربند قرمز بر روی لباس بنفش بپوشند. با این حال این رسم تا حد زیادی منسوخ شده است. در حال حاضر در بیشتر باشگاه‌های ژاپن هنرجویان چه زن و چه مرد کمربند سبز و لباس مشکی می‌پوشند. خارج از ژاپن برخی از کشورها از رنگ بندی سبز برای مردان، قرمز برای زنان استفاده می‌کنند و در برخی دیگر سبز برای زنان و مردان استفاده می‌شود.

سطح دان Dan

در اصل و مانند بیشتر رشته‌های بر پایه سیستم کیو و دان، 9 دان وجود داشته است. اما توسط سوک هاتسومی تعداد آن به 10 دان و سپس به 15 دان افزایش یافته است. این 15 دان به سه گروه تقسیم شده اند. گروه اول دان 1 تا 4 گروه تن (Ten) یا بهشت یا آسمان، دان 4 تا 9 گروه چی (Chi) یا زمین و دان 10 تا 15 جین (Jin) یا انسانیت و بشریت. گروه جین بعدها به پنج عنصر تقسیم شد: چی (زمین)، سویی (آب)، کا (آتش)، فو (باد) و کو (هیچ چیز یا تهی).

سطح نینجاها توسط رنگ آرم این هنر که به آن واپن (ワッペン - wappen) می‌گویند و متشکل از دو کانجی بو (武) و جین (神) است مشخص می‌شود. چهار مدل واپن وجود دارد: کیو 9 تا 1، دان 1 تا 4، دان 5 تا 9 و نهایتا دان 10 تا 15 و گاهی این آرم توسط 1 تا چهار ستاره‌ی (که به آن هوشی می‌گویند) نقره‌ای یا طلایی که بالا یا اطراف آن اضافه شده است و نشان گر رده فرد می‌باشد، تکمیل می‌گردد.

در دان 4 (یون دان) نین جوتسو کاران وارد تستی می‌شوند که تا در آن به سوکه مشخص شود که آیا آنان می‌توانند خطر را احساس کنند و از آن فرار نمایند یا خیر، که این تست ساکی نامیده میشود. این تست برای دان 5 است. نین جوتسو کاران با درجه گودان یا بالاتر می‌تواند برای دریافت گواهینامه تدریس (شی دوشی منکیو) درخواست دهند. شی دوشی می‌تواند برای خود باشگاه (Dojo) باز نماید و شاگردانش را تا دان 4 آموزش دهد. نینجاهایی با دان 1 تا 4 در صورتی که توسط یک مربی با دان 5 تا 9 یا مربی با دان 10 (جودان) حمایت شوند و زیر نظر او کار کنند، ممکن است مدرک کمک مربی (شیدوشی هو) را کسب کنند. در بوجینکان افرادی که دارای دانی بین 10 تا 15 هستند را شیهان (師範) نیز می‌نامند.

اضافه بر سیستم کیو و دان، تعداد کمی از نینجوتسو کاران در برخی باشگاه‌ها موفق به دریافت گواهینامه انتقال کامل یا منکیو کایدن (Menkyo kaiden - 免許皆伝) شده‌اند. این مدرک منکیو کایدن، بیان می‌دارد که فرد تمامی نکاتی که در مورد مسئله ای باید یاد گرفته شود را فرا گرفته است. بر خلاف سیستم دان و کیو که یک سیستم نمایان و عمومی است دارنده مدرک منکیو کایدن عموما تمایلی به نشان دادن مدرک و دان خود به دیگران ندارد.

مدرک منکیو کایدن وابسته به سال نیست ولی گفته می‌شود برای گرفتن این مدرک به سی سال زمان نیاز است.